Преподобни Нил се родил в село Деревска Пятина в Новгородска област. Кои са били родителите на преподобния, е неизвестно; знае се само, че е бил постриган в един от манастирите на Псковска област, наречен “Крипецки”. От този манастир той отишъл в горската пустиня на Ржевска околия и там се поселил близо до река Серемха. Тук се хранел с треви и жълъди, прекарвайки времето си в пост и молитва. Дяволът не могъл да понесе това и се въоръжил с огромна злоба против светеца, за да го прогони от това място. Той плашел Нил с различни привидения, като се явявал пред него във вид на зверове и на всякакви гадини, които се устремявали към преподобния с диво съскане и вопли. Но светецът прогонвал с молитви, като с меч, тези изкушения и зли козни на врага, ограждайки тялото си с кръстното знамение и молейки се непрестанно на Бога. Нил живял така тринадесет години, в много подвизи и пустинни трудове.

Веднъж, след дълговременна молитва, той заспал и чул глас, който му повелявал:

- Нил! Излез оттук и иди на остров Столобное; на него можеш да се спасиш.

Като получил това нареждане, преподобният се изпълнил с велика радост, защото видял, че Господ не презрял моленията му. Нил започнал да разпитва за острова христолюбивите хора, идващи при него. Те му казали, че този остров се намира в езерото Селигера, на 7 версти от град Осташково, Тверска губерния. Преподобният се отправил натам, стигнал до острова и бил поразен от красотата му. Като обходил целия остров, свети Нил видял, че той е много удобен за уединение и затова се зарадвал духом. На този остров имало планина и голяма гора. Като се изкачил на планината, светият с молитва благодарил на Бога задето му посочил това място и казал:

- Господи, ето покоят ми, ето жилището ми во веки веков.

В планината подвижникът си изкопал пещера, в която преживял първата зима; после си построил килия и параклис. На острова той водил живот във велики подвизи и молитви, в пост и трудове; за храна му служили диворастящите треви и плодове, а също и зеленчуците и плодовете от земята, която той обработвал. Но дяволът и тук не престанал да воюва срещу светеца и го плашел с всевъзможни видения. Веднъж дяволът се явил с цяло пълчище бесове и обкръжил килията на преподобния, докато той извършвал в нея молитвата си; като омотал килията с въжета, дяволът с неистов крясък заплашил, че ще я хвърли в езерото, но с молитвата си светецът прогонил бесовското пълчище.

Безсилна останала срещу свети Нил и ненавистта на хората, и дори му послужила за още по-голяма прослава. Веднъж живеещите близо до остров Столобное селяни решили да прогонят светеца и за тази цел насекли дърва и подпалили гората, като мислели, че огънят ще стигне до килията му и ще я подпали. Като видял това, светецът застанал на молитва и с много сълзи се молил за избавяне от бедата. Милосърдният Господ чул молитвата на Своя раб, уповаващ на Него, и го избавил от бедата: щом стигнал до планината, пламъкът внезапно угаснал. А преподобният, като видял бързата Божия милост, се зарадвал духом, а недоброжелателите му със срам и страх се завърнали у дома си.

Но дяволът, колкото повече поражения търпял от светеца, с толкова по-голяма ярост го нападал. Веднъж, когато преподобният се намирал на работа извън килията, разбойници нападнали светеца и със заплахи го принуждавали да им даде съкровището си; а светецът им казал:

- Чеда! Цялото ми съкровище е в ъгъла на килията.

А в този ъгъл имало икона на света Богородица с Предвечния Младенец. Разбойниците влезли в килията и внезапно ослепели; тогава те със сълзи почнали да умоляват светеца за прошка. Преподобният се помолил на Бога и разбойниците прогледнали. След това светецът се обърнал към тях с наставление за душевно спасение и им забранил да разказват за случилото се. Тогава разбойниците си замълчали, но след кончината на свети Нил подробно разказали за всичко.

Заради подвизите си и търпението в беди, преподобни Нил приел дара да съзира тайните дела на хората и да насочва съгрешаващите в пътя на истината.

Един човек, осквернен от плътски грях, дошъл при светеца. Светецът го изобличил за този грях и като му заръчал да не го върши повече, го отпуснал с мир. Оттогава този човек дошъл в страх Божий и като поживял богоугодно, починал.

Богобоязливите жители, занимаващи се близо до острова с риболов, почитайки светеца, му изпращали за храна риба от улова си. Веднъж те му изпратили с риба един от другарите си. Като предвидял с духа си, че този рибар се бил осквернил с прелюбодейство, светецът затворил прозорчето на килията си и не приел рибата от него. Като се завърнал при другарите си, рибарят им разказал за случилото се. Те изпратили друг рибар и преподобният с радост приел от него рибата и като го благословил, го отпуснал.

Друг път един човек искал да си насече на острова дърва за строеж на къща, но изведнъж се чул страшен гръм и глас, забраняващ да сече гората. Но той не се уплашил и започнал да товари колата си с дърва; конят му обаче не могъл да се по-мръдне от мястото си. Като видял това чудо, този човек си тръгнал със страх, обещавайки никога повече да не прави това.

Преподобният се подвизавал на остров Столобное двадесет и седем години и преди кончината си изкопал с ръцете си гроб в параклиса и поставил там ковчег. Идвайки тук всеки ден, той плачел над гроба за греховете си.

Когато накрая светецът почувствал приближаването на кончината си, помолил Господ да го удостои с причастие със Светите Тайни. По молитвата на светеца желанието му се изпълнило. На острова пристигнал игуменът на Николския манастир Сергий и причастил свети Нил със Светите Тайни. След това преподобният, като влязъл в килията, извършил обичайните молитви и като взел кадилницата, прикадил светите икони и цялата килия; после, като се подпрял с ръце на дървените куки, на които той обикновено почивал, когато бил уморен телесно, се преставил в Господа на 7 декември 1554 година.